李炎的想法也並不複雜，一方面通過向軍中派駐文官統計軍功，既能一定程度上限制虛報軍功等不良現象，另一方面也能起到部分監視作用。
而更重要的是，這些參軍、主簿是軍中主將的屬下，但又不能由主將任免，既不可能干涉的到主將決策，又能讓主將有所忌憚。
接着，一眾君臣又討論了一個多時辰，從糧餉問題到募兵工作，從轄制問題到文武分野，嘰嘰喳喳鬧了半天，總算定下了一個基本方案。
首先，撤銷現有的衛所、募兵編製，重新設立都督府統一管轄。
在這一點上，瞿式耜、何騰蛟是主張直接使用過去的五軍都督府編製，但李炎卻是贊同了呂大器的觀點。即現在局勢已經不需要過去那種五軍分立的分權思想了，當務之急，不如直接學習太祖皇帝打天下時建立的大都督府，由天子親任天下兵馬大都督。
不過李炎取「驅除韃虜、光復中華、重昭社稷、救濟斯民」北伐口號中的「光復」二字，給這個大都督府重新定名為光復軍大都督府，新編軍隊也以此得名為「光復軍」。
大都督府設立大都督同知一人，大都督簽事一人，大都督長史一人（均為正一品）。
大都督之下才分轄前後左右中海六軍都督（從一品），同樣設有同知、僉事、長史（正二品）。
其中海軍都督府是李炎所提議設立的，這是他打算留給鄭成功的位置，畢竟之前他已經封鄭成功為左都督，現在降人家官肯定不合適，乾脆給鄭成功專門設立一個官職衙門。而且在李炎的初步設想中，北伐滿清，鄭成功的水師將會有極大作用，獨設一軍也是早晚的事。
而其中的長史一職便是李炎所提出的駐軍文官，他還指定首輔瞿式耜為首任大都督府長史，並且以此為成例，日後大都督府長史均由內閣首輔兼任。
到這裡，這個光復軍的編製與之前明廷軍制差距還不大，關鍵在於五個都督府之下。
由於廢除衛所，每個都督所轄部隊便不再以衛所區分，而是直接以一個新單位「師」為單位。
每都督轄前後左右中五師，師主將為總兵（正三品），以副將、參軍為佐（從三品）。
每師又轄若干營（無定數），營主將為參將（正四品）或游擊（正五品），以參佐、主簿為副（正五品或正六品）。
其中參將為師的常備主力部隊，而游擊則類似於後世「獨立師」、「獨立團」的側翼部隊。
再往下就是按照此時明軍募軍的一般編製，由哨總、把總、千總之類的轄制了。
除了編製之外，朝廷還重新理清了各品級武將所應授予的散階，比如各師正三品總兵授予昭勇將軍銜，正四品參將授明威將軍銜，這就類似於後世軍銜制度了。
除了編製問題以外，就是擴軍工作了，有了一百萬兩銀子底氣的李炎出手也闊綽了許多，先拿出十五萬兩銀子出來，由兵部官員出面，讓親軍配合在肇慶、梧州、廣州、惠州、潮州等地設卡徵募青壯士卒。
以明朝後期的募軍待遇，應徵就給五兩安家銀，入伍後又給餉銀每月七錢，一年約九兩。
而與此同時進行的則是裁撤解散軍中四十歲以上老弱，重新補充以十五歲以上，三十八歲以下的青壯。
兵部規劃預計，此次擴軍大約兩萬abc 人，再算上被裁撤的老弱，整編後的兩廣明軍應在五萬人左右。
在充足資金的潤滑下，這架吱吱呀呀的「袖珍」國家機器轉動了起來，兵部開始組織外派官吏，與此同時，之前計劃徵募人才的陳子壯的工作也取得了進展。
約四百名來自兩廣、湖廣、福建各個府縣推舉的原朝中離職官吏、未出世的舉人、秀才等都向肇慶匯聚。
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